沼液中除含有大中微量元素外，還含有17種氨基酸、腐植酸、赤霉素、吲哚乙酸、玉米素等生物活性物質，以及揮發性有機成分和有毒重金屬。不同地區、不同原料、不同厭氧發酵工藝生產的沼液營養元素含量差異很大。

    沼液中也含有豐富的微生物，沼液中微生物的種類差異很大。

    沼液肥對土壤肥力的影響。發酵原料在厭氧發酵過程中流失的主要元素是碳、氮、硫等，大部分礦質養分會殘留在沼渣和沼液中。

    合理施用沼液肥可有效改善土壤環境，提高土壤肥力。

    沼液肥施用對土壤生態安全的影響，沼液中含有一些重金屬元素，使用沼液也可能造成土壤或植物受到污染。所需要經過沼液肥設備加工以后才能使用。

    沼液合理利用則是優良的肥料資源，利用不當則造成生態環境污染。沼液的處理方式可以歸納為直接還田消納、自然生態凈化技術、生化處理技術、高附加值開發處理技術等幾種。目前，在生產中仍是以還田消納和自然凈化為主，自然凈化周期較長，需要配套場地，而還田消納和沼液配肥利用可以合理利用資源，節約化肥、改善土壤生態環境。目前，沼液的肥料化利用還存在著以下幾個方面的問題，需進一步深入研究與優化。

    第一，沼液利用的生態環境風險的問題。首先，需要明確沼液對“土壤—植物”生態系統的影響。不同區域環境、不同作物、不同類型土壤對沼液的重金屬和鹽分的代謝不同，因此，需要通過長期的定位監測確定安全限值，為合理、安全施用沼液提供技術指導，建立起科學的沼液施肥體系。同時應在源頭上降低重金屬、抗生素等風險因素進入生態循環中，進而降低沼液在農業生產中的生態安全風險。

    第二，不同原料沼液的標準化生產與施用問題。不同原料及其組合所產生的沼液特性不同，因此沼液的施用方式和量也不相同。存在著沼液質量標準和無害化標準缺失、沼液還田量缺乏計算依據、沼液還田的政策配套不夠完善等問題，需在沼液無害化還田規范制定、沼液精準還田以及沼液還田的長效運行機制等方面加大力氣。從經濟成本上說，濃縮沼液存在著成本高的問題，而未濃縮的沼液還不適宜于遠距離運輸，因此，沼液肥料化利用是存在合理的推廣半徑。對于相對固定的沼氣工程，其服務半徑也相對固定，而區域的種植作物類型及種植制度也基本穩定。因此，在相對固定的區域內，為了更好的建立沼液標準化肥料利用模式，應對沼氣工程原料、發酵工藝、沼液處理與存放、沼液施用等多個方面實施標準化的管理，以有利于建立穩定的種養結合模式，推進區域沼液資源化利用效率。